Lai uzturētu kafijas optimālo temperatūru, plūsmu un kvalitāti, ieteicams mašīnai veikt atkaļķošanu ik pēc 400–600 kapsulām vai vismaz reizi gadā. Nespresso piedāvā tīrīšanas komplektu, kas ir paredzēts Nespresso sistēmām un tās daļām.
Vēl viens cēlonis varētu būt tāds, ka Espresso maisījumiem izmantojat lielai krūzei (Lungo) paredzēto pogu. Šādas rīcības rezultātā no kapsulas tiek iegūts pārāk liels kafijas daudzums. Tas nozīmē, ka kapsulā esošā kafija pārstās veidot garšu pēc aptuveni 40ml. Kafija var arī sākt piedegt, padarot garšu rūgtu. Pārmērīga kafijas iegūšana no Espresso kapsulām lieki noslogos Nespresso mašīnas sūkni. Šādā gadījumā jums nāksies atkaļķot mašīnu daudz biežāk.